Эмуляция auto_prepend_file там, где нельзя и есть mod_rewrite

В .htaccess пишем

RewriteEngine on
RewriteRule    \.php$  prepend.php

В prepend.php пишем

<?
if ($_SERVER['REDIRECT_URL']) {
    include $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . $_SERVER['REDIRECT_URL'];
}
?>